Global informa a Misa que la SDF-2, la sucesora de Macross, está casi lista para comenzar a colonizar la galaxia, con ella como capitana de la misión. Ahora que el motor de reacción está integrado en su nave, Quazmin, Laplamiz y sus secuaces atacan la ciudad de Macross con misiles y oleadas de mechas. El triángulo amoroso de Hikaru, Misa y Minmay llega a su clímax, ya que Hikaru debe decidir si irá con el ídolo pop que lo dejó de lado y ahora lo necesita desesperadamente, o con el comandante militar que lo ama profundamente, pero que puede abandonarlo para siempre en el cumplimiento del deber.