Hace diez años, en la ciudad de Fuyuki, un joven fue atrapado en un infierno masivo que incineró a sus padres y consumió una gran parte de la ciudad; cuando estaba muriendo, un hombre lo salva. Ahora este chico, Shirou Emiya, es un mecánico aficionado que asiste a la escuela en Homurabara Gakuen. Shirou también parece ser bastante mago, pero sus habilidades no están cerca del nivel de su difunto padre. Mientras tanto, la ciudad está empezando a estar plagada de derrames de gasolina y homicidios, y con el sentido de justicia de Shirou comienza a aparecer, ¿qué podría hacer alguien como él?