La historia empieza cuando Asaba Naoyuki entra una noche en la piscina de su colegio, y conoce a una misteriosa chica, Irino Kana, la cual tiene unas esferas de cristal en las muñecas. Al comienzo del nuevo semestre escolar, transfieren a Kana a la misma clase que Naoyuki. Kana tiene grandes problemas para relacionarse con sus nuevos compañeros, sin embargo, con Naoyuki es diferente y entablan una gran amistad... ¿o algo más? Pero Kana no es una chica normal. Es llamada constantemente por los profesores, tiene reacciones muy poco frecuentes y un hombre vestido de negro siempre acude a ayudarla cuando está en apuros. ¿Será que tiene un destino del cual no puede escapar? ¿Tendrá relación con la misteriosa base militar o con el incidente con un OVNI?