Grâce à sa détermination et aux âmes de ses compagnons d'armes de la précédente guerre sainte, Hakurei parvient à terrasser Hypnos... mais alors qu'il s'apprête à détruire la barrière d'Hadès, l'Empereur des Ténèbres en personne apparaît pour lui ôter la vie. Shion et Yuzuriha, rejoints par Doko, Yato et Tenma, sont impuissants face à celui que l'âme d'Alone semble avoir définitivement quitté. Faisant diversion, Doko permet à Shion de ramener ses compagnons au Sanctuaire alors qu'Hadès, après la destruction de sa demeure terrestre, rejoint le Lost Canvas dans les cieux...