Sydney e Grace scoprono che Rachel Gibson, una spia accusata di tradimento, ha molto in comune con Sydney. La ragazza è infatti convinta di lavorare per una divisione occulta della CIA. Dixon accompagna Sloane, il quale ha ottenuto un permesso dalla prigione di 48 ore allo scopo di acquisire una possibile cura per la figlia Nadia. In realtà, Sloane cade in una trappola tesagli da un padre ferito.