A San Marino, Leonardo Da Vinci è pronto a creare la sua opera ultima, intitolata "L'armonia del mondo", e lancia una sfida in diretta a tutti gli italiani, che sotto l'influenza della sua ultima invenzione cadono tutti contemporaneamente in un sonno profondo. Lupin, dopo averlo incontrato, si risveglia, in quanto infatti aveva capito che quello era solo un sogno, e l'armonia del mondo altro non è che una variante del sogno italiano, con la quale Leonardo ha ricopiato la sua essenza ricreandola nelle menti di tutti gli italiani. Lupin, Jigen, Goemon, Nyx, Fujiko e Zenigata riescono a sconfiggere Leonardo, risvegliandosi, ma arrivato a San Marino per confrontarsi personalmente con il nemico Lupin si rende conto che invece tutti gli altri italiani, a cominciare da Rebecca, hanno invece fallito, ed il loro destino è di vedere la propria personalità riprogrammata sul modello di quella di Leonardo, così da dare vita ad una nuova stirpe di uomini superiori capaci di creare, per l'appunto…