Drew delude la fiducia del dottor Cox perché, preso dal panico, fugge durante un'emergenza. J.D., prima felice che Perry non rivolga più tutte le sue attenzioni allo specializzando, capisce che lui è già un buon medico agli occhi di Cox, mentre è Drew quello che ha bisogno d'aiuto. Il medico convincerà quindi il dottor Cox a dargli una seconda possibilità. Lucy, che sa che il dottor Dorian dovrà presto andarsene, cerca un'altra figura di riferimento, provando con Denise. Questa, dovrà fronteggiare un caso che la costringerà ad essere meno fredda nei confronti dei pazienti.