Het derde seizoen van "Das Boot" volgt het lot van een onervaren onderzeeërbemanning die op een gevaarlijke missie wordt gestuurd en in het vizier komt van een geobsedeerde Royal Navy-commandant. Onder leiding van Robert Ehrenberg (Franz Dinda) vormen zich sterke persoonlijke allianties binnen de bemanning. Ehrenberg vindt zelf familiebanden waarvan hij dacht dat ze voor altijd verloren waren. Ondertussen ontdekt Hagen Forster (Tom Wlaschiha) in het neutrale Lissabon, ballingen, spionnen en criminelen die elkaar bestrijden in een dodelijk complot om geroofd oorlogsgoud te stelen. Zijn onderzoek leidt hem ook naar een man die betrokken is bij een samenzwering die de loop van de oorlog ten goede zou kunnen veranderen: Klaus Hoffmann (Rick Okon).