旅行途中,小智在森林遇到以前就很中意的森林蜥蜴宝可梦木守宫,他兴奋地想马上收服木守宫,但是却不小心从山坡上滚下去。与小遥等人走散的小智,滚到了一棵枯萎而神秘的巨大树附近,并遭到一只离群独居的木守宫的攻击。小智派皮卡丘应战,但还是被木守宫敏捷的身手给压制住。这时,一只年长的木守宫带着另外几只木守宫突然介入,结束了这场莫名奇妙的战斗。原来那些木守宫的目的是来带走这只独居的木守宫,它们对于这只顽固的木守宫不肯离开巨大树的行为深感头痛。而由于这只木守宫是在这棵树上出生的,因此它坚持要照顾这棵树。木守宫的行为让小智非常感动,于是他用实际行动全力支持这只一心一意要照顾巨大树的木守宫。这时候,火箭队突然出现,企图大量捕捉木守宫,而小智的皮卡丘也被一起捉走。木守宫挺身而出,巧妙地引诱刺球仙人掌用飞弹针刺破了火箭队的气球,从而使大家趁机逃脱。经历此事后,木守宫得到了同伴们的理解,但那棵巨大树终于还是因过度衰老而倒下了。接着,木守宫向小智发出了挑战,小智派出皮卡丘打倒了它并顺利将其收服。最后,木守宫种下了巨大树留下的种子,告别同伴跟随小智一起离开。