Il giovane Lan Hikaru riceve un aggiornamento da parte di suo padre per il livello standard del suo Net-Navi, trasformandolo nel potente MegaMan. Nel frattempo TorchMan, un Net-Navi malvagio che lavora per il sindacato criminale Mondo Tre, sta provocando corto circuiti in tutti i forni elettrici della città, intrappolando Maylu, l'amica del cuore di Lan, in un pericoloso incendio.