옛날 창고에 떨어져 있던 너덜너덜해진 시간표가 암호 해독표라는 것까지는 알아낸 코난. 그런데 이리저리 아무리 머리를 굴리고 대조해 봐도 암호를 풀 수가 없다. 그런데 또 와카사 선생님이 찾아와서는 과학 시간에 쓸 석회를 찾아야 한다면서 애들더러 같이 가자고 부탁한다. 할 수 없이 또다시 선생님을 따라나선 코난과 소년 탐정단. 그런데 창고에 가 보니 조사를 끝내고 분명히 깨끗이 정리해 놨을 터인 창고가 어질러져 있는 것을 발견한다. 초등학교에서 사체가 발견된 사실이 이미 인터넷에서 뉴스로 뜬 시간이 2시간 전이니까 누군가 그 뉴스에 나온 암호를 보고 창고를 뒤지러 온 게 틀림없고, 또한 만일 그렇다면 그 암호는 현재까지도 어떤 의미를 갖고 있다는 사실을 직감하는 코난. 그래서 코난은 아이들과 와카사 선생님과 짜고 그 강도단을 유인할 덫을 놓기로 하는데...